2002年，菏澤師范專科學(xué)校、菏澤教育學(xué)院、菏澤廣播電視大學(xué)3所學(xué)校合并，同時并入菏澤師范學(xué)校、菏澤農(nóng)業(yè)學(xué)校，籌建菏澤學(xué)院。2004年，教育部正式批準(zhǔn)更名為菏澤學(xué)院。2011年，單縣幼兒師范學(xué)校、鄆城幼兒師范學(xué)校并入菏澤學(xué)院。2017年，學(xué)校成為省級碩士培育建設(shè)單位。
截至2020年7月，學(xué)校建有4個校區(qū)，占地面積1436畝，建筑面積57.31萬平方米，教學(xué)科研儀器設(shè)備總值1.75億元，館藏紙質(zhì)圖書215.74萬冊、期刊800余種；開設(shè)21個二級學(xué)院，開辦的本科專業(yè)63個；2018年，學(xué)校專科招生專業(yè)30個；共有全日制本專科在校生22317人，繼續(xù)教育在讀生2575人；有教職工1531人，專任教師1086人。